Diagnostika presnej formy a typu EB je dôležité pre prognózu ďalšieho vývoja ochorenia. Jedná sa o špecifické a náročné vyšetrenie, ktoré vyžaduje radu klinických a vedeckých skúseností. Vhodné je sledovať u pacienta vývoj ochorenia, pátrať po príznakoch EBC v širšom príbuzenstve a až potom pristúpiť k histologickému vyšetreniu. Prenatálna diagnostika sa v dnešnej dobe uskutočňuje v prvom trimestri, ide o DNA analýzu choriových klkov. Forma EB sa diagnostikuje histopatologickými metódami a je určená tým, ako hlboko v štruktúre kože k defektom dochádza. Všetky štyri typy EBC majú prejavy lokalizované aj generalizované a môžu sa prejaviť už v novorodeneckom veku. Všetky štyri typy EBC môžu okrem kože postihnúť aj vnútorné orgány. Tým sa vyvrátila domnienka, že pľuzgiere, mílie a strata nechtových lôžok patrí len k závažným typom JEB, DEB. Náročná je diagnostika v novorodeneckom veku, lebo príznaky u všetkých troch typov EBC sa prekrývajú. Niektoré typy EBC sa v priebehu života zlepšia, napr. EBS – Dowling Meara, iné zhoršia, DEB –Hallopeau Siemens. Pritom u obidvoch typov EB v novorodeneckom veku ide o podobný klinický obraz. Napriek tomu existujú pomocné diagnostické znaky, ktoré pomáhajú typ EBC zaradiť:
EBC je dedičné ochorenie, preto je diagnóza ľahšia, ak sa už ochorenie v rodine objavilo.
Pomocným diagnostickým znakom je vek, v ktorom sa pľuzgiere objavili. U niektorých foriem sú pľuzgiere zreteľné od narodenia (EBS-Dowling Meara, JEB-Herlitz, DEB-Hallopeau Siemens, DEB-inversa Gedde-Dahl). U iných sa pľuzgiere prejavia až vtedy, ke´d dieťa začína loziť alebo chodiť (EBS-Weber Cockayne).
Ďalším znakom je časový interval tvorby pľuzgierov pri umelom vyvolaní pľuzgierov. U JEB-Herlitz príde ihneď k oddeleniu epidermis od koria, zatiaľ čo u DEB-Hallopeau Siemens vzniká pľuzgier až po 30-60 minútach.
Ďalej lokalizácia tvorby pľuzgierov, u generalizovaných typov EBC možno experimentálne vyvolať pľuzgiere kdekoľvek, u iných len v predilekčných lokalizáciách.
Typické pre EB simplex je zhoršenie prejavov v lete – letné pľuzgiere.
Nehojace sa ložiská na tvári a okolo úst, sklon k zrastaniu nosných dierok sú typickými príznakmi u letálnej formy JEB, kedy deti umierajú prevažne v dojčenskom veku. Zastretý hlas je typický pre JEB rôznej závažnosti.
V dnešnej dobe je diagnostika EBC postavená na presnom určení roviny štiepenia, kde pľuzgier v koži vzniká. K tomu je potrebné odobrať čerstvý pľuzgier. Diagnóza je postavená na imunohistochemickej detekcii komponent DEJ a elektrónovej mikroskopii, vrátane metódy polotenkých rezov.